為確保濕地生態功能並鼓勵由下而上之方式參與濕地生態保育，內政部及經濟部採聯合補助方式辦理，於105年度共編列3,950萬元概算，補助直轄市及縣（市）政府辦理地方級暫定重要濕地及其他濕地保育研究調查等。受理日期自即日起至10月1日止，補助項目包括擬定地方級重要濕地保育利用計畫、設置濕地必要設施、濕地測量、濕地棲地環境營造、濕地生態廊道建構與復育、海岸濕地防護、背景環境生物及社會長期調查研究與監測、社區參與濕地經營管理、教育推廣等，歡迎直轄市及縣（市）政府踴躍申請。 有意申請補助的鄉（鎮、市）公所、法人、團體或大專校院，應報經直轄市及縣（市）政府辦理第一階段初審作業，直轄市及縣（市）政府統一彙整後於10月1日前提報至內政部營建署城鄉發展分署進行第二階段複審作業。補助對象及額度於第二階段審查後核定，相關補助作業規定詳見於(政府資訊→政策與預算→內政部辦理國家重要濕地保育行動計畫補助作業規定)，或逕洽內政部營建署城鄉發展分署（02-2772-1350分機311～318）。