為持續推動濕地保育、復育工作，內政部營建署於民國96年底評選、首度劃設完成75處「國家重要濕地」，並指定97年為「臺灣濕地年」，揭開臺灣濕地保育與復育的新里程；98年起，透過獎、補助形式，培育地方政府與民間團體保護濕地之能量與動力；100年起則以「國家重要濕地保育計畫」為指導，與行政院環保署、農委會林務局、經濟部水利署、教育部環保小組及各縣市政府共同推動濕地保育。

102年7月3日總統公布《濕地保育法》，相關施行細則、重要濕地評定及其他實施辦法等，除了《濕地基金收支保管及運用辦法》（草案）仍需評估財源之外，其餘包括《濕地保育法施行細則》、《重要濕地評定變更廢止及民眾參與實施辦法》、《重要濕地內灌溉排水蓄水放淤給水投入標準》、《濕地影響說明書認定基準及民眾參與準則》、《衝擊減輕及生態補償實施辦法》等九項子法皆如期完成，其中「濕地影響說明書認定基準及民眾參與準則」及「衝擊減輕及生態補償實施辦法」為本法系兩大重點，母法與子法皆於103年6月12日號令訂定發布於104年2月2日施行。

近年來，為確保國土永續發展，積極維護濕地生態，落實濕地「明智利用」，達成濕地「零淨損失」目標，持續推動包括：一、辦理重要濕地管理及基礎調查作業；二、辦理濕地生態監測網、資料庫及社會經濟價值評估計畫等、三、辦理重要濕地評定、檢討、審議等相關法制作業，以及國家重要濕地保育行動計畫補助作業等重要工作。透過基礎調查及資料完備方式，全面性整合中央與地方及民間團體之力，減緩社會變遷對濕地生態帶來的衝擊，更基於兼容並蓄方式使用濕地資源，且考量濕地生態的承載範圍，在維持「質」及「量」於穩定狀態之下，推動適時、適地、適量、適性地使用濕地之生物資源、水與土地資源，以兼顧生產、生態與生活的均衡。